在常用的社會科學方法中，訪談調查時訪談者的特征(知識面、性格和價值觀)、被訪談者的特征以及兩者之間的互動方式都得不到有效的控制;參與式觀察所能觀察到的往往是研究者的感官能夠和愿意接受的信號;歷史文獻方法面對的是一大堆前人帶著不同目的而留下的材料;網絡方法在取樣上有許多方面難以得到有效控制，而且因為其注意力中很少有網絡關系的內容，研究結論往往是只見樹木不見森林;問卷調查最多只“控制”了問卷設計者注意到的和想控制的“變量”，并且調查結果會顯著地受到提問方式的影響;博弈論方法作出的是給定社會機制和前提條件下的演繹，卻完全不能保證任何相關社會現象的確是在按演繹邏輯發展。行動者計算機模擬法(agent-based simulation)對環境、社會機制和人的行為模式都作設定，模擬結果基本上只有啟發意義。

　　上述這些社會科學方法中，有的倚重經驗歸納，有的倚重邏輯演繹，但都不是自然科學意義上的控制實驗。由于實驗方法在社會科學中的應用極其有限，在生物學中達到的兩個統一，在社會科學就變成了兩個分離(演繹和歸納的分離，為什么問題和怎么樣問題的分離)。這給社會科學研究帶來了重大挑戰。

　　演繹和歸納的分離給了社會科學兩個十分常見的邏輯錯誤。(1)把演繹結論當作經驗總結。這一點在經濟學中最甚，其次是政治學。例如奧爾森(Olson 1965)的搭便車理論(即“三個和尚沒水喝”這一諺語的理論表達)，它明明是一個在多種假設條件下可以通過演繹而得出的社會機制，就像馬爾薩斯方程是一個在多種假設條件下可以通過演繹而得出的單種群動態模型一樣，但奧爾森卻煞有其事地把它描述成一個似乎是從經驗現象中總結出來的、具有廣適性的理論。而他的反對者也煞有其事的通過經驗事實試圖否定奧爾森的搭便車理論，其中有人還為此拿了諾貝爾經濟學獎(Ostrom 1990) 。在生物學中，如果有個大學生想寫本科畢業論文，聲稱想通過證據來證明馬爾薩斯方程不能預測任何一個種群的動態，指導老師會馬上否定這一想法。但是，在生物學中連大學畢業論文都不能作的課題在社會科學中卻能拿諾貝爾獎。這類現象比比皆是。(2)對局部經驗現象進行演繹。例如，黑格爾根據他非常有限的歷史認識就提出了著名的線性史觀，而后人則進一步把黑格爾的線性史觀演繹成通向歷史終結的“康莊大道”。黑格爾和他的追隨者只不過是走入了一個任何社會科學家都很難避免的誤區：把局部知識當作歷史經驗，把最為符合自己價值觀的“變量”和相應機制當作廣義理論，把自己的眼睛當作了世界。

　　演繹和歸納的分離還使得“理論”在社會科學中嚴重地喪失了經驗意義。在傳統的自然科學的意義上，理論指的是數個在邏輯上相互關聯的，能用來解釋一類經驗現象的命題(propositions)。這些命題的核心既可以是法則也可以是機制。牛頓定律是理論，因為它能用來解釋幾乎所有的經典力學意義上的物理現象，DNA的雙螺旋結構是理論，因為從這一化學結構產生出的化學機制能用來解釋許多生物化學現象。即使是馬爾薩斯方程，它也可以看作是一個理論，因為它至少能解釋在實驗室條件下的單個種群的增長模式。但是，演繹和歸納的分離使得絕大多數傳統意義上的社會科學理論做不到這一點。