大量重量級社會科學家提倡以機制為核心的社會科學分析(e.g.， Coleman 1990; Elster 1989, 1998; Hedstrom and Swedberg 1998; McAdam, Tarrow and Tilly 2001; Stinchombe 1991) 。他們的觀點在很大程度上等同于先前默頓所提倡的中層理論(Merton 1967)。筆者對他們的觀點非常理解。的確，敘事如果沒有機制為依托的話，就成了一個毫無規律可言的故事。但是同時必須注意的是，人的特性造成了社會機制不同于生物機制的作用方式，使得所謂以機制為中心的社會解釋和中層理論都也走不了多遠。具體說，生物學中機制和經驗現象的關系在大多數情況下是一對一的，而人的特性致使了機制和經驗現象在社會中產生了多對一的關系：對于一個社會現象，我們一般都能找到多個——有些甚至是和經驗現象毫無關系的——解釋機制(或者說社會現象都是“過度決定”的)。社會科學家自身的價值觀和秉性在這時就會起很大的作用。市場經濟搞得不好，自由派肯定會去找與壟斷和腐敗相關的機制，而左派會說這是市場經濟的負面后果。只要一個人有邏輯能力，他的故事都會有一定的自恰性。在社會學和政治學中，大量從機制出發的解釋所反映的往往是作者的眼睛和機制本身的邏輯，而不是所關心的經驗現象背后最為重要的規律。

　　第六，控制實驗在社會科學中的難度大并且意義有限。生物學能作控制實驗。如果某一生物現象由單個機制決定，控制實驗能直接弄清楚這一機制在機體中的作用。如果一個生物現象由多個機制所決定，控制實驗雖然不一定能弄清楚這一機制在機體中的作用，但至少可以弄清楚這一機制在其它條件得到控制下的作用。生物學家作實驗前一般會首先提出一個至數個“為什么”問題(例如，為什么飯后人會犯困，為什么人會得糖尿病等等)，然后根據已有知識作出一些演繹性的推測。而實驗的目的就是在控制條件下通過對實驗證據的歸納找出問題背后的機制，并弄清楚這機制的作用過程和方式。因此，如果說經典力學是在低速宏觀的自然條件下達到了兩個統一，即演繹和歸納的統一，以及“為什么問題”(why question)和“怎么樣問題”(how question)的統一，那么生物學方法論在實驗室條件下也達到了這兩個統一。

　　許多生物學實驗可以做到把研究視野以外的因子全部控制(所謂克隆技術、細胞株培養都是為這一目的)，社會科學幾乎做不到這一點。當然西方也有社會科學家用實驗方法做研究。例如，在研究種族和性別歧視程度時，美國學者的一個常用實驗手法是：隨機向同類公司發出許多工作申請信。每一封信的寫法與申請人的履歷都編得幾乎相同，有差別的僅僅是名字，而通過名字可以看出申請人的族群和性別。實驗背后的邏輯很直截：不同族群和性別的工作申請成功率差別越顯著，族群和性別歧視就越嚴重。[9] 問題是，這種方法雖然能較好地控制信件內容，甚至在一定程度上控制公司的性質和招聘工作的性質，但是卻不能控制各個公司內部存在的許多難以一一識別的差異。更重要的是，在社會科學領域中能夠通過實驗來解答的問題不僅少之又少，而且能通過控制實驗來解答的問題往往只是隨處可見和用其它方法也能回答的簡單問題或常識性問題。