一般來說，經過還原后的理論因為自變量和因變量在性質上差別很大，或者說自變量是“外生變量”，因而產生的解釋很有說服力。因此還原理論是許多學者的追求。但是，還原性理論都會遇到一個相同的問題：社會變化要比基因和行為上的變化來得快得多，社會現象的動態性也遠遠超過生物行為。像抽煙、喝酒、同性戀(對這些行為筆者沒有價值評判)等社會行為的背后都有一定的生物學基礎，但是決定這類現象在社會中的消長卻只能是社會原因。就性別平等來說，它是資本主義社會和民族國家興起過程中所產生的一個非企及結果，同時也是女性在現代社會中成為社會行動者之后奮斗的結果。

　　更為復雜的是，即使是針對同一問題，還原論方法也是有時有效，有時行不通，全要看情景而定。例如，關于人口消長背后的原因，社會科學家一般會從社會結構的角度來找答案。一種說法是性別平等的社會出生率低，因為女性一旦有了生育權就會不愿意去生一大堆小孩。也有人認為人口增加與財產繼承方式有關。在古代中國，遺產在兒子中平分，而在古代歐洲只有長子才有繼承權。婚姻和家庭都需要財產，于是就有人認為性別地位和遺產分配方式是傳統中國人口密度較其它地區高的原因。但是，在公元1500年前，整個歐亞大陸人口都在較低的水平擺動，而1500年后又出現同步性的提高，既然歐亞大陸各個地區的人口動態具有相似性，背后一定有某種總體性規律。麥克尼爾(McNeill 1976)把這一現象還原到流行病的角度進行了解釋：歐亞大陸不同人群對本地的流行病帶有抗體而對外來的流行病缺乏抗體。流行病通過戰爭和經商在歐亞大陸來回傳播，不斷殺死各個群體中的不帶抗體的成員(在14世紀，歐洲黑死病死亡人口超過總人口的三分之一)，因此，在公元1500年前后歐亞大陸不同群體對傳統的流行病都有了一定免疫力，導致歐亞大陸人口的同時增長。麥克尼爾把古代歐亞大陸人口消長的原因還原到傳染病這一層次，比從社會結構角度的解釋要有說服力。但是，這一理論卻只能解釋古代社會的人口消長。現代醫學出現后，傳染病對人口消長的影響越來越小，而各種社會結構的影響則在加大，還原論解釋不再有效。

　　第五，生物學是“科層科學”(bureaucratic science)，而社會科學不是。筆者采用科層科學這一概念，指的是絕大多數生物機制都有特定的作用和作用方式。例如，釋放胰島素減低血糖濃度這一機制只有在人進食血糖濃度提高后才會啟動，而且血糖濃度在此時降低的原因也肯定是由于胰島素的釋放導致。生命現象雖然很復雜，背后機制的運作規律卻十分機械。某個機制在什么時候起作用，怎么起作用都按部就班，就好比一個運行嚴密無比的科層組織。但是人的特性把這一切全都打破。

　　(1)人的行動可以有意識或無意識地改變某些社會機制在社會上的重要性。市場機制在現代社會變得如此重要，就是早期現代歐洲的國家精英與中產階級共同推動的結果(Polanyi 1957)。計劃經濟下工人吃大鍋飯，干多干少、干好干壞一個樣，因此搭便車(free rider problem)就成了約束計劃經濟效率的一個主要機制。(2)為了達到某種目的，人可以設計機制(即所謂的制度設計)甚至改變策略和組織形態把許多方向相近的機制動員起來為自己服務。例如，為使士兵英勇作戰，戰爭的指揮者都會設計和運用能產生以下三種效果的機制：懲罰、獎勵和意識形態激勵 (Zhao 2015)。(3)一旦當人認識到某機制的作用后，該機制在社會上的重要性和作用方式就會產生重大變化。20世紀初的世界性經濟危機使統治者和經濟學家都了解了馬克思所刻畫的周期性經濟危機的可怕后果，于是就出現了國家對經濟的調控，此后的經濟危機就失去了20世紀初的破壞力量。