在中國的國家治理體系中，政府系統是實現治理的主要載體，黨的領導通過政府體系來實行。政府體系的結構分為體制和機制兩個部分。體制是指正式的機構，包括各個層級的政府和每個層級政府的各個部門，以及承擔公共管理職能的政府附屬機構。機制是以一定的運作方式把事物的各個部分聯系起來，使它們協調運行而發揮作用的制度安排。政府體系內的機制包括政府部門之間、各級政府間、平行政府間，以及政府與事業單位、社會組織及公民個人之間的溝通、協商、共同行動，乃至糾紛裁決等制度安排。

　　國家治理體系的中間環節

　　中國的國家治理體系是一個多層級、多行政單位構成的復雜體系。中國政府的體制在縱向從中央到鄉鎮有五個層級，在橫向有省級政府之間、省級以下的市（地區）之間、縣（市）之間，以及省與外省的市（地區）之間、市（地區）與非本市（地區）的縣（市）之間的關系。這個復雜體系在運行過程中，除了依據行政隸屬關系和行政轄區的行政行為之外，還有大量的跨行政層級和跨行政區的行政活動。前者是指高級別的政府或部門對低級別的政府或政府部門跨層級的領導、指揮，比如為實現某項重大治理任務而建立的“領導小組”，其成員不僅有一級政府的領導人、相關部門的負責人，還包括所轄下一級政府的領導人和相關部門的負責人。后者是指地方政府間或政府部門間的協調與合作，比如地方間的合作協議、部門間的聯合發文等。因此中國的政府體系里存在亞層級和跨行政區治理機制，這些中間性的治理機制的主要功能是跨部門治理和區域治理。

　　作為國家治理體系的中間環節，區域治理發揮著獨特的作用。在中國，區域是國家與地方之間的中間層次，位于縱向政府層級體系中某兩個層級間，例如長三角區域位于中央與滬浙蘇三省市間。區域的范圍大小不一，但都涵蓋了若干行政區。國家的空間發展戰略以區域為載體，中國的區域發展總體戰略就是把全國分為東中西和東北四大板塊。由于區域位于政府層級的中間，又是跨行政區的，區域治理無法直接使用政府體制，而是以機制方式，通過不同層級和不同地方政府間的溝通、協商和合作來實現。跨層級的政府合作和跨行政區的地方合作共同構成區域治理的內容，中央、區域、地方共同構成國家治理體系的空間結構，區域治理需要中央與地方共同參與，需要不同地方政府間的合作。多方參與形成有效的區域治理是國家治理能力的一種重要標志。